Stabilito che un batterio è Gram-positivo o Gram-negativo, le possibilità diagnostiche si restringono notevolmente e risulta assai più facile riconoscere la specie precisa. La colorazione di Gram si esegue immergendo inizialmente il vetrino nel cristal-violetto e passandolo poi nella soluzione iodurata di Gram; lo si decolora poi con una mistura di etanolo ed acetone. La seconda colorazione si esegue con safranina. Seguendo questo metodo, i batteri si definiscono Gram-positivi se appaiono viola scuri, e Gram-negativi se si colorano in rosso.
